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東京科学大・難治研/生体分子の立体構造とシミュレーション・深層学習/メンバー募集中(https://nitter.gq/t.co/NSrR73gTGQ)/CueMolという生体高分子の構造可視化ソフトウェアを作っています.

東京都
Joined February 2011
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稀にある
学術的な研究成果は「論文」というかたちで、しかるべき学術誌か紀要に載って初めて研究者間の議論の俎上に上がるので、はっきり言ってXでのやり取りは何の学術的な上積みにもならないんですよね。 まともな研究論文の引用文献に「匿名氏によるXでの発言」なんて、私には恥ずかしくて書けないです。
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R2レトロトランスポゾン論文に関してプレスリリースを行いました。「研究者からのひとこと」は一言には収まりませんでした。rcast.u-tokyo.ac.jp/ja/news/…
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【ブログ】スクラッチで開発した高速な古典分子動力学(MD)コード「pfmd」の紹介記事です。NVIDIA H200 1枚で、約2.4万原子の全原子系では約3,800 ns/day(OpenMM比2.1倍)、1万ビーズの粗視化系では約54,000 ns/day(同3.1倍)を実現しました。高速化の工夫、研究への適用例を紹介します。 preferred.jp/ja/blog/tech/pf…
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一番言いたいところはここです みんなColabFold2-preview + RGI-toolkit使ってみてね。 ちなみにweight parameterにOpenBind-0を選べば全部Apache-2.0ライセンスになるので商用利用可能です。
Replying to @Ag_smith
[7/9] To make RGI more accessible, we've also integrated it into the ColabFold2-preview notebook! colab.research.google.com/gi…
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拡散モデルの生体分子構造予測では実験情報、既知の部分構造、望むドメイン配置、化学的に正しいリガンド立体化学を予測へ反映することが難しいです 学習済みモデルを再訓練せず、逆拡散の各ステップで微分可能な拘束を適用する複数の予測器で使えるツールとして実装・検証されています ソースはリプ🔽
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距離・角度・参照構造RMSD・任意の反応座標で構造状態を誘導でき、リガンドのキラリティ・cis/trans誤りも全モデルで解消。同じ設定ファイルが全モデルで使えます。 ColabFold2_previewでも利用可能です。 colab.research.google.com/gi…
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おおおー
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不可能だと言われた「汎用の機械学習ポテンシャル」は、どのように実現したのか。Matlantis PFP の開発を主導した高本聡と品川幾のインタビューを、ブログで公開しました。 PFP 以前は、汎用的なモデルというものが存在しませんでした。量子化学計算の負荷は、広く使われている手法でも原子数の3乗に比例して増えます。そのため新しい材料に取り組むたびにモデルを作り直す必要があり、例えば触媒表面の数十原子の挙動を調べるだけで半年から2年かかることもありました。 ⚛️ 記事で語られていること ・データから学ばせるだけでは、予測の精度が高く見えても、物理のルールを外れた計算が混じります。物理法則を後から近似するのではなく、モデルそのものに組み込む方針を採りました ・見る向きを変えても物理法則は変わらないという性質(回転不変性)を高階テンソルを使って数式レベルで保証し、物理的にあり得ない挙動は AI がそもそも出力できないようにニューラルネットワークを設計しました ・計算資源の大半を占めるのはモデルの学習ではなく、訓練データを作るための DFT 計算です。1台の GPU に換算して 3,200 年分以上を投入し、そのデータの9割超は今も研究者が人手で設計しています ・シミュレーションは現象を理解するための手段であり、試行錯誤のプロセス自体に価値があります。そのためワンボタンの自動化ツールではなく、API で自在に組み合わせられるプラットフォームを選びました 🔬 記事の最後に語られるのは、Matlantis が当たり前の研究インフラになった世界です。新しい材料を開発しようとしたとき、まず顕微鏡を買い、次に Matlantis を導入する。そんな世界を目指して、開発を続けています。 インタビュー全文はこちら:matlantis.com/ja/resources/b… #Matlantis #機械学習ポテンシャル #材料開発
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遅れながらようやく着いた
今日はこちら!
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大貫さんのAlphaFold3におけるタンパク質の構造サンプリング促進に関する論文が、JACS Au @ACSPublications に出版されました。拡散モデルによる構造生成過程に、物理的ポテンシャルを導入して予測構造の多様性を向上させるアプローチです。pubs.acs.org/jaaucr/article/…
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ブリッジリコンビナーゼが触媒する反応は非常に複雑で、論文をまとめるのにとても苦労しました。模式図などの図もどれも複雑で、腱鞘炎になるほどでしたが、美しい論文として発表できて大変うれしく思います。
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夏休みの自由研究で、Richardson風のtone renderingを実装してみた(そのうち公開予定)。#cuemol #cuemol3
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横浜なう
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10兆円ファンドの運用益を複数の大学に配って国際中堅研究大学を作るよりも、年間10%運用益(1兆円)で1校だけに配分して、本当の意味での国際卓越研究大学にするという制度設計には政府はしたくなかったんですかね?1校が国際卓越研究大学として成功したら、2号ファンドを作って、それで2校目の国際卓越研究大学を作るという流れの方が良い気がしますが。。
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ゆめのくにで学会なう
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もどってきたFableくん、やっぱ賢いわw
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