Bioinformatician, Ph.D
Paris, France
Joined November 2009
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Bonjour @ClientsRATP, y a t il des bus 394 qui passent dans le secteur clamart gare ? et si oui, où est l'arrêt ?
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Amine Ghozlane retweeted
The impact of water on the gut microbiome has been largely overlooked. @pro_bei, @julientap & colleagues found drinking water source and intake may shape the human gut microbiome and thus should be considered as a new covariable in microbiome studies ow.ly/91fo30rYgVh
Amine Ghozlane retweeted
EMBL and @DeepMind have partnered – a breakthrough for science.
Together, we're providing a treasure trove of protein structure predictions powered by #AlphaFold to herald a new era for #AI-enabled biology.
embl.org/news/science/alphaf…
ALT Protein structures representing the data obtained via AlphaFold.
After few days of effort, here is my first modelling with #AlphaFold ! I present to you MC3.MG12.AS1.GP1.C14.G3 a betalactamase of class A from Faecalibacterium prausnitzii that we predicted with homology modelling. I hope to enable #cuda soon :)
ALT https://www.nature.com/articles/s41564-018-0292-6
Amine Ghozlane retweeted
#Eoliennes : du rêve aux réalités. Très fier d'avoir soutenu et participé au développement de ce documentaire, réalisé par Charles Thimon. Une enquête magistrale qui déconstruit une imposture.
#EoliennesLeFilm
eoliennes-lefilm.com/
Amine Ghozlane retweeted
An updated catalog of genes and species of the pig gut microbiota.
Thanks to @MathieuJAlmeida and @xealf8 for this great work!
data.inrae.fr/dataset.xhtml?…
B.1.351 (south african variant) will (possibly) represent an issue in next months nature.com/articles/s41591-0…
This morning, scholar had a nice notification gift. HMD-ARG published in Microbiome [doi.org/10.1186/s40168-021-0…] compared the quality of their hierarchical deep-learning approach to PCM [doi.org/10.1038/s41564-018-0…] for detection of antibiotic resistance genes in #microbiome.[1/3]
ALT PCM predictions of ARDs in Metahit gene catalog available in the database MUSTARD
Apparently deep-learning is getting closer to the quality of prediction that we can reach with a structural approach with less calculation requirements (I assume).
This is exactly the future that I was thinking to improve functional annotation of #microbiome data. [2/3]
The conclusion of the paper is really inspiring to me: “In the future, we will incorporate other dimensions of information, such as 3D structural information”. I couldn’t agree more ! [3/3]
github.com/aghozlane/pcm, mgps.eu/Mustard/
Amine Ghozlane retweeted
After the discontinuation of its flagship #COVID19 vaccine project based on the measles virus, @institutpasteur will pursue efforts on its nasal and DNA candidate vaccines
Recherche d'un vaccin contre la #COVID19 "C'est la loi de la recherche : quand on démarre un projet comme celui-ci, on des chances de réussir mais on a aussi des chances de ne pas réussir", Christophe d'Enfert, directeur scientifique de l'@institutpasteur. bfmtv.com/sante/apres-l-aban…
Amine Ghozlane retweeted
L’annonce par @olivierveran d’une vaccination dès janvier des soignants de + de 50 ans et à risques est une première avancée. Bravo. Encore un effort. Compte tenu du risque sanitaire, La Ligue @laliguecancer demande la vaccination de TOUS LES SOIGNANTS. Pour nous soigner.
Amine Ghozlane retweeted
J’ai écrit à @olivierveran pour demander que les établissements médico-sociaux des vallées sinistrées des #AlpesMaritimes bénéficient en priorité du vaccin contre la #Covid_19
Le virus circule activement dans ces zones où le respect des gestes barrières est très compliqué
Amine Ghozlane retweeted
Parlementaires qui me suivez, je vous en prie, aidez à protéger notre pays. La stratégie vaccinale DOIT être adaptée à l’urgence de la situation. Pour soigner les Français, vaccinons les soignants, accélérons. À vous de jouer, la balle est dans votre camps. Pr Axel Kahn
Amine Ghozlane retweeted
📆 #SaveTheDate : dans le cadre du #Pasteurdon, nous vous invitons à suivre la conférence digitale : "Retour sur 10 mois de mobilisation de l'@institutpasteur face à la #COVID19".
➡️Rendez-vous le 8 octobre à 18h sur pasteurdon.pasteur.fr/confer…
